Falls das noch jemand hat:

Ich habe das Problem gefunden: Die fertigen Dateien werden in eine Netzwerkfreigabe geschrieben. Dafür muss der Dienst wohl als ein Nutzer gestartet werden, der Zugriff auf diesen Pfad hat, und nicht als System. (Win+R->services.msc->PDF24-> rechtsklick-Eigehschaften->Anmelden->Dieses Konto...)

Das Update hat diese Einstellung anscheinend herausgenommen und wieder  SYSTEM eingetragen.