Als Info für Leute mit dem gleichen Problem:

Wir haben Folgendes getan:
1) Setzen von NoToolbox=1
2) Erzeugen eines zusätzlichen Shortcuts im Startmenü auf die "PDF24-Toolbox.exe"

Damit haben wir den gewünschten Effekt erzielen können: Über das TrayIcon öffnet sich der "kleine" Launcher und falls jemand die Toolbox nutzen möchte, dann kann er sie über das Startmenü erreichen.

Natürlich wäre eine konfigurierbare Einstellung im Programm besser, aber vielleicht gibt es die ja mit dem nächsten Update.