Die Lösung für mich wurde mir per E-Mail von Herrn Ziegler gesendet, falls jemand sonst das Problem haben sollte wollte ich es aber hier noch einmal mit posten:
Unter https://creator.pdf24.org/manual/11/#41-common-registry-settings gibt es die Möglichkeit den Wert joinPdfsProvide auf: qpdf umzustellen, damit habe ich bei mir wieder das gewünschte alte Verhalten in welchem mehrfach auftretende Formularfeldnamen sich dann nur durch einen Suffix unterscheiden.
Danke für die Hilfe noch einmal Herr Ziegler